Saludos a todos.
Mi problema es el siguiente:
Cuando en gnome intento iniciar alguna aplicacion que necesita permisos 
administrativos, una vez introducida la contraseña no funciona.
He probado el "terminal de root y "Ventana de entrada" (gdmsetup) y en 
ambos me pasa lo mismo.
Trasteando en las opiones de "editar los menus" de gnome, veo que la 
orden que ejecuta es con gksu.

El caso de gdmsetup es: gksu /usr/sbin/gdmsetup
Y para el terminal: gksu /usr/bin/x-terminal-emulator

Ejecutando la primera orden en un terminal con la opcion debug la salida es:
/$ gksu -d /usr/sbin/gdmsetup
xauth: -b5578ef4d9bb419f4b693df539abcddd
-
display: -:0.0-
final xauth: -b5578ef4d9bb419f4b693df539abcddd
-
final display: -:0.0-
STARTUP_ID: gksu/|usr|sbin|gdmsetup/5850-0-takanet-gentoo_TIME3078041504
gksu_context_run: buf: -Contraseña:-
no password on keyring
DEBUG (run:after-pass) buf: -Contraseña:-
DEBUG (run:post-after-pass) buf: -
ntraseña:-
DEBUG (run:post-after-pass) buf: -su: Permiso denegado
-
DEBUG (auth_failed) buf: -su: Permiso denegado
/
Y para el terminal idem:

/$ gksu -d /usr/bin/x-terminal-emulator
xauth: -b5578ef4d9bb419f4b693df539abcddd
-
display: -:0.0-
final xauth: -b5578ef4d9bb419f4b693df539abcddd
-
final display: -:0.0-
STARTUP_ID: 
gksu/|usr|bin|x-terminal-emulator/5858-0-takanet-gentoo_TIME3077484448
gksu_context_run: buf: -Contraseña:-
no password on keyring
DEBUG (run:after-pass) buf: -Contraseña:-
DEBUG (run:post-after-pass) buf: -
ntraseña:-
DEBUG (run:post-after-pass) buf: -su: Permiso denegado
-
DEBUG (auth_failed) buf: -su: Permiso denegado/

Pero ejecutando en un terminal /sudo /usr/sbin/gdmsetup /si se me abre 
perfectamente la ventana de configuracion (x-terminal-emulator no existe 
como tal en /usr/bin, asi que esto no lo he podido probar)

¿alguna sugrencia?